V případě neléčení vážné infekce je nebezpečnou komplikací vznik sepse, při které jsou celé ledviny (nebo jedna) postiženy hnisavým zánětem, který se odsud šíří do celého těla. Dále může dojít k akutnímu selhání ledvin (při postižení obou ledvin) se zástavou odtoku moči, kdy se odpadové produkty hromadí v organismu a otravují ho, což může mít velice vážné následky. U chronických pyelonefritid pak při nerozpoznání dochází k chronickému selhání ledvin, které vede k postupné ztrátě funkce ledvin a nutnosti dotyčného pravidelně dialyzovat.
